João nasceu em 1330, em Nepomuk, na Boêmia, atual República Tcheca. Apesar de os pais serem pobres, conseguiu formar-se doutor em Teologia e Direito Canônico na Universidade de Praga, uma das mais modernas e avançadas da época. Desde muito cedo, João sabia que sua verdadeira vocação era o sacerdócio, a pregação. Quando finalmente recebeu a unção sacerdotal, colocou em prática o seu talento de orador sacro. Fez um trabalho tão brilhante que foi convidado para ser capelão e confessor na corte.

João tornou-se confessor da rainha e provocou a ira do rei. Segundo a tradição, ele teria exigido que João violasse o segredo da confissão da rainha, o que se negou a fazer. Por isso, foi torturado e morto. Seu corpo foi jogado, às escondidas, nas águas do rio Moldávia, no dia 16 de maio de 1383. No dia seguinte, a população percebeu um cadáver boiando, circundado por uma luz misteriosa com cinco estrelas.

O corpo foi recolhido e reconheceram que se tratava do capelão João. Em procissão, foi levado e enterrado na Igreja de Santa Cruz, onde permanece até hoje. Em 1729, ele foi canonizado e celebrado como o mártir da confissão.